「コピペルナーを使用して、提出されたレポートにコピペがあるかどうかを調べる」と仰った教員がいるようです。それによって誤解が生じているかもしれませんので、私の理解を示しておきます。もちろん、大学や大学教育研究開発センターの見解ではなく、私個人の見解です。
大学に提出されたレポートのすべてをコピペルナーで機械的に調べるわけではありません。一部の教員が、一部の講義において、その必要に応じてコピペルナーを使用することがある、という程度のことです。コピペルナー自体はそれほど技術的に高いソフトウェアではなく(開発者の方には申し訳ないです…、費用対効果の点では商品化したことに意味はあると思います)、従来でも同様のソフトウェアを自作して使用していたり、あるいは、コピペかどうかをそうしたソフトウェアを使用せずに逐一確認していたりした教員もいるでしょうから、レポートの評価に関して新しい状況が生じたとは思えません。また、教員の中にはそもそもコピペルナーを使用する必要のない工夫した課題を出す方もいまし、分野によってはある程度のコピペはやむを得ないということもあります。それらの場合、コピペルナーは当然のことながら使用されないでしょう。
ただし、『履修ルールブック』53頁に、



提出論文(レポート)においては、文章やデータの盗用(引用の範囲を明示せず、かつ引用元を明記せずに引用すること。データの改ざん・ねつ造を含む)、レポートの流用(他人の書いたレポートを提出すること)、または文章の代筆(他人の代わりに書くこと)をしてはいけません。



とあるように、一般的にはコピペが許されるわけではありません。